常见问题¶
我如何报告错误?¶
报告错误或获得帮助的最简单方法是在GitHub上打开一个问题。只需转到 project GitHub page ,请点击 Issues 在右侧菜单选项卡中,提交您的报告或问题。
有视频教程吗?¶
我们目前没有这方面的具体计划,但我们同意这将是非常有帮助的。
有没有什么分段的例程?¶
不是的。该包不包括分割算法,因为我们目前专注于层析成像,而我们认为分割更多地是层析处理后发生的特定于应用的数据分析的一部分。一个重要的例外是当分割步骤被用作断层重建算法的一部分时,例如在DART算法中。
有没有什么工具可以对齐投影?¶
是。请检查 alignment 模块了解详细信息。
什么是ASTRA工具箱?¶
ASTRA工具箱通过在图形处理单元(GPU)上实现层析重建方法来提供高效的层析重建方法。它包括先进的迭代方法,并允许非常灵活的扫描几何。ASTRA工具箱还包括可用于开发新的重建方法的构建块,允许轻松高效地实施和修改先进的重建方法。然而,该工具箱仅侧重于重建,并不包括正确处理同步加速器数据通常所需的前处理或后处理方法。此外,工具箱没有提供从磁盘读取数据的例程。
为什么TomoPy和ASTRA被整合?¶
TomoPy工具箱专门设计为易于在同步加速器设施光束线上使用和部署。它支持通过配套项目DXChange从磁盘读取许多常见的同步加速器数据格式 [B15] ,并包括通常用于同步加速器数据的其他几种处理算法。将ASTRA工具箱集成到TomoPy框架中,在TomoPy没有基于GPU的重建方法的情况下,为同步加速器光束线用户带来了优化的基于GPU的重建方法。即使在今天,ASTRA工具箱仍提供比TomoPy更快的迭代方法。
什么是UFO?¶
UFO是一个通用的图像处理框架,针对不同的计算系统和数据流进行了优化。任意数据处理任务被塞在一起以形成更大的处理流水线。然后将这些流水线映射到运行时可用的硬件资源,即所有可用的多个GPU和CPU。
已集成到TomoPy中的一个特定用例是使用过滤反投影和直接傅里叶逆方法快速重建,尽管将来可能会添加其他用于前后处理的方法。
支持哪些平台?¶
TomoPy支持Windows、Linux和MacOS。ASTRA工具箱支持Linux和Windows。Project UFO支持Linux和MacOS。
TomoPy、ASTRA和UFO是否支持所有GPU?¶
TomoPy和ASTRA工具箱中的GPU算法都是使用NVIDIA的CUDA实现的。因此,只有支持NVIDIA CUDA的图形处理器才能运行它们。UFO使用OpenCL,因此它同时支持AMD和NVIDIA OpenCL兼容的GPU。
我可以在HPC群集上运行此功能吗?¶
也许吧。在其默认安装包中,TomoPy和ASTRA工具箱仅限于在单台多核、多GPU计算机上运行。这两个工具箱都可以通过使用MPI的并行化在HPC集群上运行,但由于在HPC集群上的安装和运行通常是特定于集群的,所以默认安装包不包括这些功能。
因此,手稿中提供的集成包目前不支持在HPC集群上运行。请注意,ASTRA工具箱提供了一个单独的支持MPI的包,用于HPC集群。我们指的是 [B26] 有关TomoPy计划中的HPC实施的更多详细信息。它是一个MapReduce型MPI实现层,在Stampede、Cori、Mira等多个集群上成功使用。有计划允许用户访问HPC集群上的TomoPy(例如,通过客户端或门户网站),但这些项目需要一段时间才能成熟供用户使用。
为什么我不能使用pip从PyPI安装TomoPy?¶
PIP不是为管理非Python包而设计的,而TomoPy具有非Python依赖项。我们首选的包和环境管理器Conda使我们(开发人员)构建和分发TomoPy变得更容易。