skbio.tree.TreeNode

class skbio.tree.TreeNode(name=None, length=None, support=None, parent=None, children=None)[源代码]

树中节点的表示

A TreeNode 实例存储指向其父节点和可选子节点的链接。此外 TreeNode 可以表示 length (例如,分支长度)在其自身和父对象之间。在这个对象中,文档中经常使用“children”和“descents”。子节点是节点的直接子代,而子节点是位于给定节点下的所有节点(例如,子节点等)。

参数
  • name (str or None) -- 节点可以有一个名称。例如,在一棵树的顶端有一个共同的系统发生学提示。

  • length (float, int, or None) -- 将此节点连接到其父节点的分支的长度。可以代表进化的时间,突变的数量,或者其他进化距离的度量。

  • support (float, int, or None) -- 将此节点连接到其父节点的分支的支持值。可以是引导值、后验概率或其他度量此分支的置信度或频率的度量。

  • parent (TreeNode or None) -- 将此节点连接到父节点

  • children (list of TreeNode or None) -- 将此节点连接到现有子节点

属性

default_write_format 

内嵌函数

copy.copy(tree) 

使用迭代方法返回self的副本

copy.deepcopy(tree) 

使用迭代方法返回self的副本

tree[x] 

切片到的节点委托 children .

__hash__ ()

返回哈希(self)。

iter(tree) 

节点iter迭代 children .

len(tree) 

状态:从0.4.0开始实验。

str(tree) 

返回self的字符串版本,包括名称和距离

方法

accumulate_to_ancestor \(祖先)

返回自己与祖先的距离之和

ancestors ()

将所有祖先返回根

append \(节点)

将节点附加到 children ,就位,清理参照

ascii_art \ [show_internal, compact] )

返回包含树的ascii绘图的字符串

assign_ids ()

为self分配拓扑稳定的唯一id

assign_supports ()

从树的内部节点标签中提取支持值。

bifurcate \ [insert_length] )

将树重新排序为分叉树。

cache_attr \(func,缓存属性名[, cache_type] )

在树的内部节点上缓存属性

compare_rfd \(其他[, proportion] )

计算Robinson和Foulds对称差

compare_subsets \(其他[, exclude_absent_taxa] )

返回self和other不同的重叠子集的分数。

compare_tip_distances \(其他[, sample, ...] )

使用端到端距离矩阵将自身与其他人进行比较。

copy ()

使用迭代方法返回self的副本

count \ [tips] )

获取树中的节点数

create_caches ()

构造一个内部查找以方便按名称搜索

deepcopy ()

使用迭代方法返回self的副本

descending_branch_length \ [tip_subset] )

从self或self tips的子集中查找总降序分支长度

distance (其他)

回归自我与他人的距离

extend (节点)

追加一个 list 属于 TreeNodeself .

find (姓名)

节点查找依据 name .

find_all (姓名)

查找所有匹配的节点 name

find_by_func (FUNC)

查找给定函数的所有节点

find_by_id \(节点u id)

节点查找依据 id .

from_linkage_matrix \(链接矩阵,id列表)

从SciPy链接矩阵返回树。

from_taxonomy \(血统地图)

从分类法构造树

get_max_distance ()

返回任意一对尖端之间的最大尖端距离

has_children ()

返回 True 如果节点有 children .

index_tree ()

索引树以便在树数组中快速查找

invalidate_caches \ [attr] )

删除查找和属性缓存

is_root ()

返回 True 如果a有根,则为 parent .

is_tip ()

返回 True 如果当前节点没有 children .

lca \(提示名)

提示列表的最低共同祖先

levelorder \ [include_self] )

在树上执行levelorder迭代

lowest_common_ancestor \(提示名)

提示列表的最低共同祖先

neighbors \ [ignore] )

返回所有自连接的节点

non_tips \ [include_self] )

迭代self派生的非属性

observed_node_counts \(提示计数)

从尖端观测的计数中返回节点观测值的计数

pop \ [index] )

移除 TreeNodeself .

postorder \ [include_self] )

在树上执行后序迭代。

pre_and_postorder \ [include_self] )

在树上执行迭代,前后访问节点

preorder \ [include_self] )

在树上执行预序迭代

prune ()

拓扑重建后删除了正确的节点。

read \(文件) [, format] )

创建新的 TreeNode 实例。

remove \(节点)

从自身移除节点

remove_deleted (FUNC)

删除其中的节点 func(node) 评估 True .

root ()

返回树的根 self 是在

root_at \(节点)

返回以所提供节点为根的新树。

root_at_midpoint ()

返回一棵新树,根在相距最远的两个尖端的中点

shear \(姓名)

剪掉尖端,直到树有了所需的尖端名称。

shuffle \ [k, names, shuffle_f, n] )

用混乱的提示名称生成树

siblings ()

返回所有 children 属于 self parent .

subset ()

返回从指定节点派生的名称集

subsets ()

返回所有来自self及其后代的名称集

subtree \ [tip_list] )

复制子树

tip_tip_distances \ [endpoints] )

返回尖端对之间的距离矩阵,以及尖端顺序。

tips \ [include_self] )

迭代 self .

to_array \ [attrs, nan_length_value] )

返回self的数组表示

to_taxonomy \ [allow_empty, filter_f] )

返回self的分类表示形式

traverse \ [self_before, self_after, include_self] )

返回子体上的迭代器

unpack ()

将内部节点解包到位。

unpack_by_func (FUNC)

解压满足特定条件的树的内部节点。

unrooted_copy \ [parent] )

遍历树的无根样式并返回一个副本

unrooted_deepcopy \ [parent] )

遍历树的无根样式并返回一个新副本

write \(文件) [, format] )

写一个实例 TreeNode 一个文件。