skbio.stats.composition.ilr¶

skbio.stats.composition.ilr(mat, basis=None, check=True)[源代码]¶

执行等轴测井比变换。

状态：从0.4.0开始实验。

此函数将组合从Aitchison单纯形转换到真实空间。：ath：ilr`变换既是等距变换，又是定义在下列空间上的同构变换

\(ilr: S^D \rightarrow \mathbb{R}^{D-1}\)

ILR变换的定义如下

\[ilr(x) = [\langle x, e_1 \rangle_a, \ldots, \langle x, e_{D-1} \rangle_a]\]

哪里 \([e_1,\ldots,e_{D-1}]\) 是单纯形中的一个标准正交基。

如果未指定正交基，则默认使用从Gram-Schmidt正交化派生的J.J.Egozcue正交基。

参数:

mat (numpy.ndarray) -- 比例矩阵，其中行=成分，列=成分
basis (numpy.ndarray or scipy.sparse.matrix, optional) -- Aitchison单纯形的正交基默认为J.J.Egozcue正交基。
check (bool) -- 指定基础是否为正交化。

示例

>>> import numpy as np
>>> from skbio.stats.composition import ilr
>>> x = np.array([.1, .3, .4, .2])
>>> ilr(x)
array([-0.7768362 , -0.68339802,  0.11704769])

备注

如果 basis 参数，则该参数应为Aitchison单纯形中的基数。如果有 D-1 中指定的元素 mat ，则基础的维度需要为 D-1 x D ，其中行表示基本向量，列表示比例。