skbio.stats.composition.clr

skbio.stats.composition.clr(mat)

执行中心对数比转换。

状态：从0.4.0开始实验。

此函数将组合从Aitchison几何体转换到真实空间。这个 \(clr\) 变换既是定义在下列空间上的等距变换，又是同构变换

\(clr: S^D \rightarrow U\)

where \(U= \{x :\sum\limits_{i=1}^D x = 0 \; \forall x \in \mathbb{R}^D\}\)

它是为合成而定义的 \(x\) 详情如下：

\[clr(x) = \ln\left[\frac{x_1}{g_m(x)}, \ldots, \frac{x_D}{g_m(x)}\right]\]

哪里 \(g_m(x) = (\prod\limits_{i=1}^{D} x_i)^{1/D}\) 是的几何平均值 \(x\) 。

参数:

mat (array_like, float) -- 比例矩阵，其中行=成分，列=成分

返回:

CLR变换矩阵

返回类型:

numpy.ndarray

示例

>>> import numpy as np
>>> from skbio.stats.composition import clr
>>> x = np.array([.1, .3, .4, .2])
>>> clr(x)
array([-0.79451346,  0.30409883,  0.5917809 , -0.10136628])