skbio.stats.composition.alr

skbio.stats.composition.alr(mat, denominator_idx=0)

执行加法对数比率转换。

状态：从0.5.5开始实验。

此函数将组合从D部分Aitchison单纯形转换到D-1维非等距实空间。这一论点 denominator_col 定义用作公分母的列的索引。数学： alr 只要统计数据不涉及距离，变换后的数据就可以进行多变量分析。

\(alr: S^D \rightarrow \mathbb{R}^{D-1}\)

ALR变换的定义如下

\[alr(x) = \left[ \ln \frac{x_1}{x_D}, \ldots, \ln \frac{x_{D-1}}{x_D} \right]\]

哪里 \(D\) 是用作公分母的部分的索引。

参数:

• mat (numpy.ndarray) -- 比例矩阵，其中行=成分，列=成分

• denominator_idx (int) -- 的列(2D矩阵)或位置(向量)的索引 mat 可作为参比组合物。默认情况下 denominator_idx=0 若要指定第一列或位置，请执行以下操作。

返回:

投影在D-1维非等距实数空间中的D零件组合的ALR变换数据

返回类型:

numpy.ndarray

示例

>>> import numpy as np
>>> from skbio.stats.composition import alr
>>> x = np.array([.1, .3, .4, .2])
>>> alr(x)
array([ 1.09861229,  1.38629436,  0.69314718])