skbio.sequence.RNA.degap

RNA.degap()

返回一个删除了空白字符的新序列。

状态：0.4.0稳定。

返回:

删除所有空白字符的新序列。

返回类型:

GrammaredSequence

参见

gap_chars

备注

结果的类型和元数据将与生物序列相同。如果存在位置元数据，则它将以与序列字符相同的方式进行过滤，并包含在结果的degapped序列中。

示例

>>> from skbio import DNA
>>> s = DNA('GGTC-C--ATT-C.',
...         positional_metadata={'quality':range(14)})
>>> s.degap()
DNA
-----------------------------
Positional metadata:
    'quality': <dtype: int64>
Stats:
    length: 9
    has gaps: False
    has degenerates: False
    has definites: True
    GC-content: 55.56%
-----------------------------
0 GGTCCATTC