skbio.sequence.Protein.index

Protein.index(subsequence, start=None, end=None)[源代码]

找到序列中子序列首先出现的位置。

状态：0.4.0稳定。

参数:

  • subsequence (str, Sequence, or 1D np.ndarray (np.uint8 or '|S1')) -- 要在此序列中搜索的子序列。

  • start (int, optional) -- 开始搜索的位置（包括）。

  • end (int, optional) -- 停止搜索的位置（独占）。

返回:

位置 subsequence 第一次出现在这个序列中。

返回类型:

int

抛出:

  • ValueError -- 如果 subsequence 在此序列中不存在。

  • TypeError -- 如果 subsequence 是一个 Sequence 对象的类型与此序列不同。

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('ACACGACGTT-')
>>> s.index('ACG')
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