skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers¶
- GrammaredSequence.iter_kmers(k, overlap=True)[源代码]¶
生成kmers长度 k 从这个序列。
状态:0.4.0稳定。
- 参数:
k (int) -- kmer长度。
overlap (bool, optional) -- 定义kmers是否应该重叠。
- 生成器:
序列 --长度kmer k 包含在这个序列中。
- 抛出:
ValueError -- 如果 k 小于1。
示例
>>> from skbio import Sequence >>> s = Sequence('ACACGACGTT') >>> for kmer in s.iter_kmers(4, overlap=False): ... str(kmer) 'ACAC' 'GACG' >>> for kmer in s.iter_kmers(3, overlap=True): ... str(kmer) 'ACA' 'CAC' 'ACG' 'CGA' 'GAC' 'ACG' 'CGT' 'GTT'