skbio.sequence.GrammaredSequence.find_with_regex

GrammaredSequence.find_with_regex(regex, ignore=None)[源代码]

为正则表达式匹配的模式生成切片。

状态:0.4.0稳定。

参数:
  • regex (str or regular expression object) -- 要编译成正则表达式的字符串,或预编译的正则表达式对象(例如,调用 re.compile

  • ignore (1D array_like (bool) or iterable (slices or ints), optional) -- 指示匹配时要忽略的位置。

生成器:

--正则表达式匹配的位置。

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('AATATACCGGTTATAA')
>>> for match in s.find_with_regex('(TATA+)'):
...     match
...     str(s[match])
slice(2, 6, None)
'TATA'
slice(11, 16, None)
'TATAA'