skbio.sequence.GrammaredSequence.count

GrammaredSequence.count(subsequence, start=None, end=None)

计算此序列中子序列的出现次数。

状态：0.4.0稳定。

参数:

• subsequence (str, Sequence, or 1D np.ndarray (np.uint8 or '|S1')) -- 计算发生次数的子序列。

• start (int, optional) -- 开始计数的位置（包括）。

• end (int, optional) -- 停止计数的位置（不包括）。

返回:

出现的次数 subsequence 按这个顺序。

返回类型:

int

抛出:

• ValueError -- 如果 subsequence 长度为0。

• TypeError -- 如果 subsequence 是一个 Sequence 对象的类型与此序列不同。

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('GGUCG')
>>> s.count('G')
3
>>> s.count('GG')
1
>>> s.count('T')
0
>>> s.count('G', 2, 5)
1