skbio.sequence.DNA.to_regex

DNA.to_regex(within_capture=False)[源代码]

返回说明退化字符的正则表达式对象。

状态:自0.4.1起稳定。

参数:

within_capture (bool) -- 如果 True ,将序列的regex模式格式化为单个捕获组。如果 False ,按原样编译regex模式,不使用捕获组。

返回:

预编译的正则表达式对象(从 re.compile )它与这个序列的所有确切版本相匹配,没有其他的。

返回类型:

regex

示例

>>> from skbio import DNA
>>> seq = DNA('TRG')
>>> regex = seq.to_regex()
>>> regex.match('TAG').string
'TAG'
>>> regex.match('TGG').string
'TGG'
>>> regex.match('TCG') is None
True
>>> regex = seq.to_regex(within_capture=True)
>>> regex.match('TAG').groups(0)
('TAG',)