skbio.sequence.DNA.iter_kmers

DNA.iter_kmers(k, overlap=True)[源代码]

生成kmers长度 k 从这个序列。

状态:0.4.0稳定。

参数:
  • k (int) -- kmer长度。

  • overlap (bool, optional) -- 定义kmers是否应该重叠。

生成器:

序列 --长度kmer k 包含在这个序列中。

抛出:

ValueError -- 如果 k 小于1。

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('ACACGACGTT')
>>> for kmer in s.iter_kmers(4, overlap=False):
...     str(kmer)
'ACAC'
'GACG'
>>> for kmer in s.iter_kmers(3, overlap=True):
...     str(kmer)
'ACA'
'CAC'
'ACG'
'CGA'
'GAC'
'ACG'
'CGT'
'GTT'