skbio.metadata.Interval¶
- class skbio.metadata.Interval(interval_metadata, bounds, fuzzy=None, metadata=None)[源代码]¶
存储间隔功能的边界和元数据。
此类存储间隔特性。区间特征被定义为生物序列或序列比对的一个子区域,它是一个功能实体,例如一个基因、一个核糖开关、一个外显子等。它可以跨越单个相邻区域或多个非相邻区域(例如,转录本中的多个外显子,或操纵子中的多个基因)。
- 参数:
interval_metadata (object) -- 参考
IntervalMetadata
反对这个Interval
对象与关联。bounds (iterable of tuple of int) -- 表示起始坐标和结束坐标的元组。它是 zero-based 编号。在起始边界上总是包含的,在结束边界上总是排他的。
fuzzy (iterable of tuple of bool, optional) -- 元组表示每个绑定坐标的模糊性。如果未指定,则所有绑定坐标的模糊性
False
. 如果坐标模糊性True
这表明区间特征的确切界点是未知的。边界可以在指定坐标之外的某些点开始或结束。这适应了位置格式 [1] INSDC的。metadata (dict, optional) -- 存储特征信息的属性字典,如“链”、“基因名”或“产品”。
备注
当一个
Interval
对象自动将自身添加到其关联的IntervalMetadata
对象,IntervalMetadata.add
是创建和添加到IntervalMetadata
.引用
示例
假设我们有一个叫做“genA”的基因,有10nt,如下图所示。第二行表示该基因上的两个外显子(用“=”表示):
TGGATTCTGC -====--==- 0123456789
我们可以创造一个
Interval
目的表达该基因的外显子:>>> from skbio.metadata import Interval, IntervalMetadata >>> interval_metadata = IntervalMetadata(10)
请记住,坐标在下界是包含的,在上界是排他的:
>>> gene = Interval(interval_metadata, ... bounds=[(1, 5), (7, 9)], ... metadata={'name': 'genA'}) >>> gene Interval(interval_metadata=..., bounds=[(1, 5), (7, 9)], fuzzy=[(False, False), (False, False)], metadata={'name': 'genA'})
属性
bounds
间隔特征的坐标。
dropped
布尔值,指示
Interval
对象被丢弃。fuzzy
每个坐标的开放性。
metadata
间隔功能的元数据。
内嵌函数
__eq__
(其他)测试是否
Interval
对象与另一对象相等。__ge__
(value, /)返回self>=值。
__getstate__
\()泡菜的帮手。
__gt__
(value, /)返回self>值。
__le__
(value, /)返回self<=value。
__lt__
(value, /)返回self<value。
__ne__
(其他)测试是否
Interval
对象不等于另一个对象。__str__
\()返回str(self)。
方法
drop
\()把这个扔掉
Interval
对象从它链接到的间隔元数据返回。