TaxDump格式 (skbio.io.format.taxdump )¶
NCBI分类数据库转储 (taxdump )格式存储生物体名称、分类和其他属性的信息。它是带有分隔符的表格格式： <tab><pipe><tab> 列之间的行和行尾 <tab><pipe> 毕竟是专栏。文件名通常以.dmp结尾。
格式支持¶
嗅探员：没有
读者 |
writer |
对象类 |
|---|---|---|
是的 |
不 |
|
格式规范¶
State: Experimental as of 0.5.8.
NCBI分类数据库 [1] [2] 拥有生物体名称和分类。它有一个门户网站 [3] 和文件传输协议下载服务器 [4]. 也可以使用电子公用事业访问它 [5]. 数据库每天都在更新，每个月都会生成一个存档。数据发布的文件名为 taxdump 。它由多个.dmp文件组成。这些文件有不同的用途，但它们遵循共同的格式模式：
它是一种表格格式。
列分隔符为
<tab><pipe><tab>。行尾为
<tab><pipe>。第一列是数字识别符，通常代表分类群(即“TaxID”)，但也可以是遗传编码、引文或其他条目。
数据发布的两个最重要的文件是 nodes.dmp 和 names.dmp 。它们分别存储分类系统的层次结构(即分类)和生物体的名称。它们可以用来构建生物的分类树。
nodes.dmp¶
名字 |
描述 |
|---|---|
tax_id |
GenBank分类数据库中的节点ID |
父税_id |
GenBank分类数据库中的父节点ID |
排名 |
该节点的排名(超级王国、王国、...) |
EMBL码 |
位置名称前缀；不是唯一的 |
分区ID |
请参阅Division.dmp文件 |
继承的div标志(1或0) |
如果节点从父级继承除法，则为1 |
遗传密码ID |
请参阅gencode.dmp文件 |
继承的GC标志(1或0) |
如果节点从父代继承遗传密码，则为1 |
线粒体遗传密码id |
请参阅gencode.dmp文件 |
继承的MGC标志(1或0) |
如果节点从父代继承线粒体基因编码，则为1 |
GenBank隐藏标志(1或0) |
如果名称在GenBank条目沿袭中被隐藏，则为1 |
隐藏子树根标志(1或0) |
如果此子树还没有序列数据，则为1 |
评论 |
自由文本评论和引用 |
2018年起，NCBI发布《新分类文件》 [8] (new_taxdump )。新的 nodes.dmp 格式与经典格式兼容，在上述所有列之后再增加五列。
名字 |
描述 |
|---|---|
叶绿体遗传密码id |
请参阅gencode.dmp文件 |
继承的PGC标志(1或0) |
如果节点从父代继承了叶绿体基因编码，则为1 |
specified_ 物种 |
1如果节点谱系中的物种有正式名称 |
氢体遗传密码子id |
请参阅gencode.dmp文件 |
继承的HGC标志(1或0) |
如果节点从父代继承氢小体基因编码，则为1 |
names.dmp¶
名字 |
描述 |
|---|---|
tax_id |
与此名称关联的节点的ID |
name_txt |
为自己命名 |
唯一名称 |
如果名称不唯一，则为此名称的唯一变体 |
NAME类 |
(同义词，常用名称，...) |
division.dmp¶
名字 |
描述 |
|---|---|
分区ID |
分类数据库分区ID |
部门CDE |
GenBank部门代码(三个字符) |
部门名称 |
例如BCT、PLN、VRT、MAM、PRI... |
评论 |
gencode.dmp¶
名字 |
描述 |
|---|---|
遗传密码ID |
GenBank遗传密码ID |
缩写 |
遗传密码名称缩写 |
名字 |
遗传密码名称 |
CDE |
该遗传密码的翻译表 |
开始 |
启动这种遗传密码的密码子 |
SCISKIT-BIO目前不支持其他类型的.dmp文件。但是，用户可以在使用此实用程序时自定义列定义。详情见下文。
格式参数¶
以下格式参数在中可用 taxdump 格式：
scheme：输入.dmp文件的列定义方案名称。下面列出了可用的选项。或者，可以提供在名称到数据类型词典中定义的自定义方案。nodes：古典音乐nodes.dmp计划。它还兼容新的nodes.dmp格式，在这种情况下，将只读取由经典格式定义的列。nodes_new：新的nodes.dmp计划。nodes_slim：仅前三列：Tax_id、Parent_Tax_id和RANK，它们是构建分类树所需的最低信息。它既适用于古典的，也适用于新的nodes.dmp档案。它还可以处理仅包含这三列的自定义文件。names：names.dmp计划。division：division.dmp计划。gencode：gencode.dmp计划。
备注
SCRKIT-BIO将从最左边读取列，直到方案中定义的列数。多余的列将被裁剪。
示例
>>> from io import StringIO
>>> import skbio.io
>>> import pandas as pd
>>> fs = '\n'.join([
... '1\t|\t1\t|\tno rank\t|',
... '2\t|\t131567\t|\tsuperkingdom\t|',
... '6\t|\t335928\t|\tgenus\t|'
... ])
>>> fh = StringIO(fs)
将文件读入到 pd.DataFrame 并指定应使用“nodes_slm”方案：
>>> df = skbio.io.read(fh, format="taxdump", into=pd.DataFrame,
... scheme="nodes_slim")
>>> df
parent_tax_id rank
tax_id
1 1 no rank
2 131567 superkingdom
6 335928 genus
引用