排序结果格式 (skbio.io.format.ordination ）¶
排序结果文件格式 (ordination )以人类可读的、基于文本的格式存储排序方法的结果。该格式支持存储scikit bio中可用的各种排序方法的结果，包括（但不限于）PCoA、CA、RDA和CCA。
格式支持¶
有嗅探员：是的
读者 |
writer |
对象类 |
|---|---|---|
是的 |
是的 |
格式规范¶
该格式基于文本，由描述排序结果的六个属性组成：
Eigvals：1-DProportion explained：1-DSpecies：二维Site：二维Biplot：二维Site constraints：二维
文件中的属性 must 按这个顺序。
每个属性都定义在其自己的文件部分中，其中的部分由一个空白（或仅空格）行分隔。每个属性以一个标题行开头，其中包含属性的名称（如上所列），后跟制表符，后跟一个或多个用制表符分隔的维度（整数），这些维度描述属性数据的形状。
属性的数据跟随其标题行，并以制表符分隔的格式存储。 Species ， Site 和 Site constraints 将物种和站点ID分别存储为第一列，然后存储二维数据数组。
此文件格式的示例如下：
Eigvals<tab>4
0.36<tab>0.18<tab>0.07<tab>0.08
Proportion explained<tab>4
0.46<tab>0.23<tab>0.10<tab>0.10
Species<tab>9<tab>4
Species0<tab>0.11<tab>0.28<tab>-0.20<tab>-0.00
Species1<tab>0.14<tab>0.30<tab>0.39<tab>-0.14
Species2<tab>-1.01<tab>0.09<tab>-0.19<tab>-0.10
Species3<tab>-1.03<tab>0.10<tab>0.22<tab>0.22
Species4<tab>1.05<tab>0.53<tab>-0.43<tab>0.22
Species5<tab>0.99<tab>0.57<tab>0.67<tab>-0.38
Species6<tab>0.25<tab>-0.17<tab>-0.20<tab>0.43
Species7<tab>0.14<tab>-0.85<tab>-0.01<tab>0.05
Species8<tab>0.41<tab>-0.70<tab>0.21<tab>-0.69
Site<tab>10<tab>4
Site0<tab>0.71<tab>-3.08<tab>0.21<tab>-1.24
Site1<tab>0.58<tab>-3.00<tab>-0.94<tab>2.69
Site2<tab>0.76<tab>-3.15<tab>2.13<tab>-3.11
Site3<tab>1.11<tab>1.07<tab>-1.87<tab>0.66
Site4<tab>-0.97<tab>-0.06<tab>-0.69<tab>-0.61
Site5<tab>1.04<tab>0.45<tab>-0.63<tab>0.28
Site6<tab>-0.95<tab>-0.08<tab>0.13<tab>-0.42
Site7<tab>0.94<tab>-0.10<tab>0.52<tab>-0.00
Site8<tab>-1.14<tab>0.49<tab>0.47<tab>1.17
Site9<tab>1.03<tab>1.03<tab>2.74<tab>-1.28
Biplot<tab>3<tab>3
-0.16<tab>0.63<tab>0.76
-0.99<tab>0.06<tab>-0.04
0.18<tab>-0.97<tab>0.03
Site constraints<tab>10<tab>4
Site0<tab>0.69<tab>-3.08<tab>-0.32<tab>-1.24
Site1<tab>0.66<tab>-3.06<tab>0.23<tab>2.69
Site2<tab>0.63<tab>-3.04<tab>0.78<tab>-3.11
Site3<tab>1.10<tab>0.50<tab>-1.55<tab>0.66
Site4<tab>-0.97<tab>0.06<tab>-1.12<tab>-0.61
Site5<tab>1.05<tab>0.53<tab>-0.43<tab>0.28
Site6<tab>-1.02<tab>0.10<tab>-0.00<tab>-0.42
Site7<tab>0.99<tab>0.57<tab>0.67<tab>-0.00
Site8<tab>-1.08<tab>0.13<tab>1.11<tab>1.17
Site9<tab>0.94<tab>0.61<tab>1.79<tab>-1.28
如果给定的结果属性不存在（例如。 Biplot )，仍应定义它并将其维度声明为0。例如：：
Biplot<tab>0<tab>0
所有属性都是可选的，除了 Eigvals .
示例
假设我们有以下以制表符分隔的文本文件，其中存储排序结果 ordination 格式：：
Eigvals<tab>4
0.36<tab>0.18<tab>0.07<tab>0.08
Proportion explained<tab>4
0.46<tab>0.23<tab>0.10<tab>0.10
Species<tab>9<tab>4
Species0<tab>0.11<tab>0.28<tab>-0.20<tab>-0.00
Species1<tab>0.14<tab>0.30<tab>0.39<tab>-0.14
Species2<tab>-1.01<tab>0.09<tab>-0.19<tab>-0.10
Species3<tab>-1.03<tab>0.10<tab>0.22<tab>0.22
Species4<tab>1.05<tab>0.53<tab>-0.43<tab>0.22
Species5<tab>0.99<tab>0.57<tab>0.67<tab>-0.38
Species6<tab>0.25<tab>-0.17<tab>-0.20<tab>0.43
Species7<tab>0.14<tab>-0.85<tab>-0.01<tab>0.05
Species8<tab>0.41<tab>-0.70<tab>0.21<tab>-0.69
Site<tab>10<tab>4
Site0<tab>0.71<tab>-3.08<tab>0.21<tab>-1.24
Site1<tab>0.58<tab>-3.00<tab>-0.94<tab>2.69
Site2<tab>0.76<tab>-3.15<tab>2.13<tab>-3.11
Site3<tab>1.11<tab>1.07<tab>-1.87<tab>0.66
Site4<tab>-0.97<tab>-0.06<tab>-0.69<tab>-0.61
Site5<tab>1.04<tab>0.45<tab>-0.63<tab>0.28
Site6<tab>-0.95<tab>-0.08<tab>0.13<tab>-0.42
Site7<tab>0.94<tab>-0.10<tab>0.52<tab>-0.00
Site8<tab>-1.14<tab>0.49<tab>0.47<tab>1.17
Site9<tab>1.03<tab>1.03<tab>2.74<tab>-1.28
Biplot<tab>0<tab>0
Site constraints<tab>0<tab>0
从文件加载排序结果：
>>> from io import StringIO
>>> from skbio import OrdinationResults
>>> or_f = StringIO(
... "Eigvals\t4\n"
... "0.36\t0.18\t0.07\t0.08\n"
... "\n"
... "Proportion explained\t4\n"
... "0.46\t0.23\t0.10\t0.10\n"
... "\n"
... "Species\t9\t4\n"
... "Species0\t0.11\t0.28\t-0.20\t-0.00\n"
... "Species1\t0.14\t0.30\t0.39\t-0.14\n"
... "Species2\t-1.01\t0.09\t-0.19\t-0.10\n"
... "Species3\t-1.03\t0.10\t0.22\t0.22\n"
... "Species4\t1.05\t0.53\t-0.43\t0.22\n"
... "Species5\t0.99\t0.57\t0.67\t-0.38\n"
... "Species6\t0.25\t-0.17\t-0.20\t0.43\n"
... "Species7\t0.14\t-0.85\t-0.01\t0.05\n"
... "Species8\t0.41\t-0.70\t0.21\t-0.69\n"
... "\n"
... "Site\t10\t4\n"
... "Site0\t0.71\t-3.08\t0.21\t-1.24\n"
... "Site1\t0.58\t-3.00\t-0.94\t2.69\n"
... "Site2\t0.76\t-3.15\t2.13\t-3.11\n"
... "Site3\t1.11\t1.07\t-1.87\t0.66\n"
... "Site4\t-0.97\t-0.06\t-0.69\t-0.61\n"
... "Site5\t1.04\t0.45\t-0.63\t0.28\n"
... "Site6\t-0.95\t-0.08\t0.13\t-0.42\n"
... "Site7\t0.94\t-0.10\t0.52\t-0.00\n"
... "Site8\t-1.14\t0.49\t0.47\t1.17\n"
... "Site9\t1.03\t1.03\t2.74\t-1.28\n"
... "\n"
... "Biplot\t0\t0\n"
... "\n"
... "Site constraints\t0\t0\n")
>>> ord_res = OrdinationResults.read(or_f)