skbio.diversity.partial_beta_diversity¶

skbio.diversity.partial_beta_diversity(metric, counts, ids, id_pairs, validate=True, **kwargs)[源代码]¶

仅计算指定ID对之间的距离

备注

从0.5.0起已弃用，以便在0.6.0中删除。返回类型不稳定。建议开发商谨慎。未计算距离时，生成的DistanceMatrix对象将包含零，因此可能会产生误导。

参数:

metric (str or callable) -- 要应用的成对距离函数。如果 metric 是一个字符串，它必须可以由scikit-bio解析（例如UniFrac方法），或者必须是可调用的。
counts (2D array_like of ints or floats) -- 包含计数/丰度数据的矩阵，其中每行包含给定样本中OTU的计数。
ids (iterable of strs) -- 中每个样本的标识符 counts .
id_pairs (iterable of tuple) -- 要比较的id元组的iterable（例如。， [('a', 'b'), ('a', 'c'), ...]) . 如果指定，则所描述的ID集必须是 ids .
validate (bool, optional) -- 见 skbio.diversity.beta_diversity 有关详细信息。
kwargs (kwargs, optional) -- 公制特定参数。

返回:

用id_对表示的成对样本之间的距离。未由id_对定义的成对距离将为0.0。由于0.0是有效距离，因此请谨慎使用此生成的距离矩阵。

返回类型:

skbio.DistanceMatrix

抛出:

ValueError -- 如果 ids 未指定。如果 id_pairs 不是 ids . 如果 metric 不是scikit bio的可调用或不可解析的字符串。如果在 id_pairs .

参见