skbio.diversity.alpha_diversity¶
- skbio.diversity.alpha_diversity(metric, counts, ids=None, validate=True, **kwargs)[源代码]¶
计算一个或多个样本的α多样性
状态：从0.4.1开始试验。
- 参数:
metric (str, callable) -- 应用于样本的α多样性度量。最好将度量作为字符串传递，因为这通常会导致使用度量的优化版本。
counts (1D or 2D array_like of ints or floats) -- 包含计数/丰度数据的向量或矩阵。如果是矩阵，每一行都应该包含给定样本中otu的计数。
ids (iterable of strs, optional) -- 中每个样本的标识符
counts. 默认情况下，将按照提供的顺序为样本分配整数标识符。validate (bool, optional) -- 如果 False ，将不执行输入验证。此步骤可能很慢，因此如果在其他地方运行验证，则可以在此处禁用它。但是，无效的输入数据可能导致无效的结果或难以解释的错误消息，因此如果您不确定输入数据是否有效，则不应跳过此步骤。看到了吗
skbio.diversity有关验证所需内容的说明，以便确定是否可以安全地禁用验证。kwargs (kwargs, optional) -- 公制特定参数。
- 返回:
价值观
metric对于中提供的所有矢量counts. 索引将是ids，如果提供。- 返回类型:
pd.Series
- 抛出:
ValueError, MissingNodeError, DuplicateNodeError -- 如果验证失败。确切的错误将取决于什么是无效的。
TypeError -- 如果提供了无效的方法特定参数。