skbio.diversity.alpha.shannon¶
- skbio.diversity.alpha.shannon(counts, base=2)[源代码]¶
计算计数的香农熵，默认为位。
状态：从0.4.0开始实验。
Shannon-Wiener多样性指数定义为：
\[H = -\sum_{i=1}^s\left(p_i\log_2 p_i\right)\]哪里 \(s\) 是OTU和OTU的数量 \(p_i\) 是OTU所代表的社区的比例 \(i\) 。
- 参数:
counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。
base (scalar, optional) -- 要在计算中使用的对数底。
- 返回:
香农多样性指数H。
- 返回类型:
double
备注
此处的实施基于SDR-IV在线手册中的描述 [1] 只是这里使用的默认对数底是2，而不是 \(e\) 。
引用