skbio.diversity.alpha.margalef

skbio.diversity.alpha.margalef(counts)

计算Margalef的丰富度指数。

状态：从0.4.0开始实验。

Margalef‘s D定义为：

\[D=FRAC{(S-1)}{\ln N}\]

哪里 \(S\) 是OTU和OTU的数量 \(N\) 是样本中的个体总数。

假定日志累积。

参数:

counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。

返回:

马加里夫丰富度指数。

返回类型:

double

备注

根据中的描述 [1].

引用

[1]

马古伦，A E 2004。衡量生物多样性。布莱克威尔。第76-77页。