skbio.diversity.alpha.kempton_taylor_q

skbio.diversity.alpha.kempton_taylor_q(counts, lower_quantile=0.25, upper_quantile=0.75)[源代码]

计算α多样性的Kempton-Taylor Q指数。

状态：从0.4.0开始实验。

估计累积丰度曲线在分位数范围内的斜率。默认情况下，使用上下四分位数，向内四舍五入。

参数:

  • counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。

  • lower_quantile (float, optional) -- 分位数范围的下限。默认为较低的四分位数。

  • upper_quantile (float, optional) -- 分位数范围的上界。默认为高四分位数。

返回:

肯普顿-泰勒阿尔法多样性Q指数。

返回类型:

double

备注

索引在中定义 [1]. 此处的实施基于SDR-IV在线手册中的描述 [2].

这里提供的实现与Magurran 1998年给出的结果略有不同。具体地说，我们的分子中有14个，而不是15个。Magurran建议用与UQ下降的点和LQ下降的点相同的#计算一半的OTU，但这一点的理由尚不清楚(例如，如果有非常大的#OTUS刚刚与其中一个分位数重叠，结果将非常不一致)。目前让计算保持不变，但考虑改变一下。

引用