skbio.diversity.alpha.fisher_alpha¶
- skbio.diversity.alpha.fisher_alpha(counts)[源代码]¶
计算费舍尔α，一种多样性度量。
状态：从0.4.0开始实验。
Fisher‘s Alpha是通过解以下方程来估计的 \(\alpha\) ：
\[S=\alpha\ln(1+\frac{N}{\alpha})\]哪里 \(S\) 是OTU和OTU的数量 \(N\) 是样本中的个体总数。
- 参数:
counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。
- 返回:
费舍尔是阿尔法。
- 返回类型:
double
- 抛出:
RuntimeError -- 如果优化器无法收敛(Error>1.0)。
备注
此处的实施基于SDR-IV在线手册中的描述 [1]. 用途
scipy.optimize.minimize_scalar去找费舍尔的阿尔法。引用