skbio.diversity.alpha.brillouin_d

skbio.diversity.alpha.brillouin_d(counts)[源代码]

计算α分集的布里渊指数。

状态:从0.4.0开始实验。

其计算方法如下:

\[HB = \frac{\ln N!-\sum^s_{i=1}{\ln n_i!}}{N}\]

哪里 \(N\) 被定义为样本中的个体总数, \(s\) 是OTU的数量,以及 \(n_i\) 被定义为 \(i^{\text{th}}\) 奥图。

参数:

counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。

返回:

布里渊指数。

返回类型:

double

备注

此处的实施基于SDR-IV在线手册中的描述 [1].

引用