skbio.diversity.alpha.ace¶
- skbio.diversity.alpha.ace(counts, rare_threshold=10)[源代码]¶
计算ACE度量（基于丰度的覆盖估计器）。
状态：从0.4.0开始实验。
ACE指标定义为：
\[S_{ace}=S_{abund}+\frac{S_{rare}}{C_{ace}}+ \frac{F_1}{C_{ace}}\gamma^2_{ace}\]哪里 \(S_{abund}\) 是丰富的OTU的数量(超过 rare_threshold 个体)当所有样本汇集在一起时， \(S_{rare}\) 是稀有OTU的数量(小于或等于 rare_threshold 个体)当所有样本汇集在一起时， \(C_{ace}\) 是样本丰度覆盖率估计器， \(F_1\) 是单身人士的频率，以及 \(\gamma^2_{ace}\) 是稀有OTUS的估计变异系数。
估计的变异系数定义为(假设 rare_threshold 默认为10)：
\[\gamma^2_{ace}=max\left[\frac{S_{rare}}{C_{ace}} \frac{\sum^{10}_{i=1}{{i\left(i-1\right)}}F_i} {\left(N_{rare}\right)\left(N_{rare}-1\right)} -1,0\right]\]- 参数:
counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。
rare_threshold (int, optional) -- 包含相同或更少个体的OTU将被视为罕见的阈值。
- 返回:
计算的ACE指标。
- 返回类型:
double
- 抛出:
ValueError -- 如果每一个稀有的OTU都是独生子女。
备注
ACE首次引入是在 [1] 和 [2]. 此处的实施基于《估算手册》中的说明 [3].
如果不存在稀有OTU，则返回大量OTU的数量。的默认值为10 rare_threshold 是基于 [4].
如果 counts 包含零，表示已知存在于环境中但未出现在样本中的OTU，在计算稀有OTU数量时将忽略它们。
引用