skbio.alignment.make_identity_substitution_matrix¶
- skbio.alignment.make_identity_substitution_matrix(match_score, mismatch_score, alphabet='ACGTU')[源代码]¶
生成替换矩阵，其中所有匹配项得分相等
备注
自0.4.0起已弃用，以便在0.6.0中删除。将被替换为SubstitutionMatrix类。要跟踪进度，请参阅 [#161] (https://github.com/biocore/scikit-bio/issues/161).
- 参数:
match_score (int, float) -- 为所有比赛分配的分数。该值通常为正值。
mismatch_score (int, float) -- 应为所有不匹配项分配的分数。该值通常为负值。
alphabet (iterable of str, optional) -- 应包含在替换矩阵中的字符。
- 返回:
字母表中的所有字符都是两个字典中的键，因此可以查找任意一对字符以获得匹配或不匹配的分数。
- 返回类型:
dict of dicts