skbio.alignment.TabularMSA.sort

TabularMSA.sort(level=None, ascending=True)

按索引标签就地排序序列。

参数:

• level (int or object, optional) -- 当索引为 pd.MultiIndex . 没有别的办法。

• ascending (bool, optional) -- 如果 False ，按降序（即反向）排序。

参见

index, reassign_index, pandas.Series.sort_index

备注

这是通往 pd.Series.sort_index 内部的。

示例

创建一个 TabularMSA 以序列标识符作为索引标签的对象：

>>> from skbio import DNA, TabularMSA
>>> seqs = [DNA('ACG', metadata={'id': 'c'}),
...         DNA('AC-', metadata={'id': 'b'}),
...         DNA('AC-', metadata={'id': 'a'})]
>>> msa = TabularMSA(seqs, minter='id')
>>> msa
TabularMSA[DNA]
---------------------
Stats:
    sequence count: 3
    position count: 3
---------------------
ACG
AC-
AC-
>>> msa.index
Index(['c', 'b', 'a'], dtype='object')

按索引标签的字母顺序对序列进行排序：

>>> msa.sort()
>>> msa
TabularMSA[DNA]
---------------------
Stats:
    sequence count: 3
    position count: 3
---------------------
AC-
AC-
ACG
>>> msa.index
Index(['a', 'b', 'c'], dtype='object')

请注意，由于排序已就绪，因此 TabularMSA 对象被修改（新对象是 not 返回）。