skbio.alignment.TabularMSA.append¶

TabularMSA.append(sequence, minter=None, index=None, reset_index=False)[源代码]¶

在不重新计算对齐的情况下将序列追加到MSA。

状态：从0.4.1开始试验。

参数:

sequence (GrammaredSequence) -- 要附加的序列。必须匹配MSA的数据类型和MSA中的位置数。
minter (callable or metadata key, optional) -- 用于为要附加的序列创建索引标签。如果可调用，则直接生成标签。否则，它将被视为序列元数据的键。请注意 minter 不能与 index 也不 reset_index .
index (object, optional) -- 用于附加序列的索引标签。请注意 index 不能与 minter 也不 reset_index .
reset_index (bool, optional) -- 如果 True ，此MSA的索引将重置为 TabularMSA 附加后构造函数的默认值。请注意 reset_index 不能与 minter 也不 index .

抛出:

ValueError -- 如果只有一个选择 minter ， index 或 reset_index 未提供。
TypeError -- 如果序列对象不是 GrammaredSequence .
TypeError -- 如果序列的类型与MSA的数据类型不匹配。
ValueError -- 如果序列的长度与MSA中的位置数不匹配。

参见

extend, reassign_index

备注

附加序列时，MSA不会自动重新对齐。因此，这项行动本身并不一定有意义。

示例

创建带有标记的单个序列的MSA 'seq1' ：

>>> from skbio import DNA, TabularMSA
>>> msa = TabularMSA([DNA('ACGT')], index=['seq1'])
>>> msa
TabularMSA[DNA]
---------------------
Stats:
    sequence count: 1
    position count: 4
---------------------
ACGT
>>> msa.index
Index(['seq1'], dtype='object')

向MSA追加一个新序列，通过 index ：

>>> msa.append(DNA('AG-T'), index='seq2')
>>> msa
TabularMSA[DNA]
---------------------
Stats:
    sequence count: 2
    position count: 4
---------------------
ACGT
AG-T
>>> msa.index
Index(['seq1', 'seq2'], dtype='object')

附加另一个序列，这次使用 reset_index . 注意，由于MSA的索引被重置，我们不需要为新序列via提供索引标签 index 或 minter ：

>>> msa.append(DNA('ACGA'), reset_index=True)
>>> msa
TabularMSA[DNA]
---------------------
Stats:
    sequence count: 3
    position count: 4
---------------------
ACGT
AG-T
ACGA
>>> msa.index
RangeIndex(start=0, stop=3, step=1)