skbio.alignment.AlignmentStructure¶
- class skbio.alignment.AlignmentStructure¶
包装对齐c结构的结果,以便Python可以访问它
备注
cigar 可能为空,具体取决于使用的参数。
target_begin 和 query_begin 可能是-1,具体取决于使用的参数。
开发者注意: read_sequence 是一个别名 query_sequence 按原样由ssw.c使用 reference_sequence 对于 target_sequence
属性
aligned_query_sequence
返回由雪茄对齐的查询序列
aligned_target_sequence
返回由雪茄对齐的目标序列
cigar
雪茄格式字符串,实现最佳对齐
optimal_alignment_score
最佳对准得分
query_begin
返回查询序列开始的字符索引
query_end
查询序列结束处的字符索引
query_sequence
查询序列
suboptimal_alignment_score
次优对准得分
target_begin
目标字符对齐的起始位置
target_end_optimal
目标最佳对齐结束处的字符索引
target_end_suboptimal
目标次优对齐结束处的字符索引
target_sequence
目标序列
内嵌函数
__eq__
(value, /)返回self==值。
__ge__
(value, /)返回self>=值。
__getitem__
(key, /)回归自我 [key] .
__getstate__
\()泡菜的帮手。
__gt__
(value, /)返回self>值。
__hash__
\()返回哈希(self)。
__le__
(value, /)返回self<=value。
__lt__
(value, /)返回self<value。
__ne__
(value, /)回归自我!=值。
__str__
\()返回str(self)。
方法
is_zero_based
\()如果对齐从0开始,则返回True,否则返回False
set_zero_based
(is_zero_based)如果为True,则将对齐索引设置为从0开始;如果为False,则设置为1