skbio.alignment.AlignmentStructure

class skbio.alignment.AlignmentStructure

包装对齐c结构的结果,以便Python可以访问它

备注

cigar 可能为空,具体取决于使用的参数。

target_beginquery_begin 可能是-1,具体取决于使用的参数。

开发者注意: read_sequence 是一个别名 query_sequence 按原样由ssw.c使用 reference_sequence 对于 target_sequence

属性

aligned_query_sequence 

返回由雪茄对齐的查询序列

aligned_target_sequence 

返回由雪茄对齐的目标序列

cigar 

雪茄格式字符串,实现最佳对齐

optimal_alignment_score 

最佳对准得分

query_begin 

返回查询序列开始的字符索引

query_end 

查询序列结束处的字符索引

query_sequence 

查询序列

suboptimal_alignment_score 

次优对准得分

target_begin 

目标字符对齐的起始位置

target_end_optimal 

目标最佳对齐结束处的字符索引

target_end_suboptimal 

目标次优对齐结束处的字符索引

target_sequence 

目标序列

内嵌函数

__eq__(value, /)

返回self==值。

__ge__(value, /)

返回self>=值。

__getitem__(key, /)

回归自我 [key] .

__getstate__ \()

泡菜的帮手。

__gt__(value, /)

返回self>值。

__hash__ \()

返回哈希(self)。

__le__(value, /)

返回self<=value。

__lt__(value, /)

返回self<value。

__ne__(value, /)

回归自我!=值。

__setstate__ 

__str__ \()

返回str(self)。

方法

is_zero_based \()

如果对齐从0开始,则返回True,否则返回False

set_zero_based(is_zero_based)

如果为True,则将对齐索引设置为从0开始;如果为False,则设置为1