skbio.sequence.DNA.gc_content

DNA.gc_content()[源代码]

计算序列中G和C的相对频率。

状态:0.4.0稳定。

这包括G、C和S字符。这相当于打电话 gc_frequency(relative=True) . 请注意,在操作之前将对序列进行除盖,因此在计算序列长度时不包括间隙字符。

返回:

序列中G和C的相对频率。

返回类型:

float

参见

gc_frequency

示例

>>> from skbio import DNA
>>> DNA('ACGT').gc_content()
0.5
>>> DNA('ACGTACGT').gc_content()
0.5
>>> DNA('ACTTAGTT').gc_content()
0.25
>>> DNA('ACGT--..').gc_content()
0.5
>>> DNA('--..').gc_content()
0

S 方法 GC ,所以它很重要:

>>> DNA('ASST').gc_content()
0.5

其他堕落者不算在内:

>>> DNA('RYKMBDHVN').gc_content()
0.0