南朝时期中原人口的大批南下，不仅使南朝增加了劳动力，而且带来了先进的生产技术， 为南方的进一步开发提供了有利的条件。
南朝政府对北来的流民起初采取侨立州郡的政策，后来， 东晋和南朝政府为了扩大剥削对象，改行土断政策。
所谓土断，就是撤销侨州郡县和侨籍，让侨户和土著居民一起在当地著籍， 并且同样负担国家的赋役。自东晋到陈朝时期，共进行九次土断。其中， 364年桓温进行的“庚戌土断”和413年刘裕进行的“义熙土断”，成效最为显著。
土断后，南朝境内的侨寓政府便陆续消失了。
东晋、南朝时期，南方的农业普遍有所发展。比较突出的地区，是长江中、 下游的荆、扬二州。扬州是东晋、南朝经济最发达的地区。
其中都城建康及其周围地区发展很快。东晋在曲阿（江苏丹阳）立新丰塘， 溉田八百多顷。宋在湖熟起废田四千多顷。宋向京口、姑熟移民，齐在句容修赤山塘。 扬州“地广野丰，民勤本业，一岁或稔，则数郡忘饥”。三吴是东晋政府最重要的基地，经济发展尤为突出。
东晋在吴兴乌程）筑荻塘，溉田千顷。宋在乌程修吴兴塘，溉田二千余顷； 又在会稽一带开垦湖田，“皆成良业”。东晋、南朝政府的各种支出， 主要依靠三吴。洞庭湖周围的荆、湘地区发展也很快。梁罢义阳镇兵以后， “江湖诸州并得休息，开田六千顷。二年之后，仓廪充实”。
与浙江相邻的闽中、鄱阳湖周围地区，也有较快的发展。此外，淮南地区， 土地肥沃，流民集中。江南地区普遍实行麦稻兼作，岭南种双季稻。
元嘉以前，淮南是经济发达的地区。元嘉末，由于宋魏战争，淮南遭到破坏。 经过齐、梁二代的经营，江淮间一些地区的生产也迅速恢复、发展。广州也是富庶的经济地区。