专题地理信息系统（Thematic GIS） 是具有有限目标和专业特点的地理信息系统， 为特定的专业目的服务。考古地理信息系统就是一种专题GIS， 以考古信息为主要内容，具有考古专业的特点，为考古学研究服务。
区域地理信息系统（Regional GIS） 主要以区域综合研究和全面的信息服务为目标， 可以有不同的规模。如国家级、省级或地区、 市级和县级等为不同级别行政区服务的区域信息系统， 也可以按自然分区或流域为单位划分区域系统。 区域考古GIS的研究一般是按中、小型流域划分。 这是因为古代聚落的分布与演变往往以中、小型流域为分区单位。
许多实际的地理信息系统是介于上述二者之间的区域性专题信息系统。 如洛阳盆地考古信息系统兼顾区域与专题两重属性， 限制了研究区域和专业范围， 以便对研究专题进行深入细致的分析和研究，探索区域性的古代人地关系。
GIS工具（GIS Tools)是一组具有图形数字化、存储管理、 查询检索、分析运算和多种输出等GIS基本功能的套装软件。 它们或者是专业设计研制的， 或者是在完成了实用GIS后剔除具体区域或主题式的地理空间数据后得到的， 具有对计算机硬件适应性强、数据管理和操作效率高、 功能强的特点，是具有普遍性的实用性信息，可以用作GIS教学。
考古GIS的研究一般都是在通用的地理信息系统工具支持下， 创建区域或单个遗址的考古地理信息系统，再进行多重空间分析与研究。 现有大多数GIS软件的功能都能够满足工作要求， 一般情况下不需要投入大置的时间和精力进行太多的二次开发。