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地理信息系统的集成理论与方法对于推动地理信息系统应用的发展起到了重要的作用， 但就目前地理信息系统集成的理论、方法和技术水平而言， GIS集成还存在不少问题，主要表现在以下几个方面：
1.集成理论缺乏。目前， 地理信息系统集成研究的重点主要在模型集成和软件技术集成方面。 此外，还有众多的其他集成模式，但不外乎是这两种集成模式的简单变化。 人们对这两集成模式的关注和GIS应用发展的阶段息息相关， GIS与专业模型的结合以及GIS软件技术的发展使得GIS的模型集成和软件技术集成一度成为G[S应用的焦点。 受应用驱动的GIS集成只是从GIS系统表面探讨集成问题， 对GIS集成的认知理论的研究明显不够。
2.集戌方法不够完善。目前，GIS的集成思想和方法各神各样， 这些想法基本都是缘于某一个应用的需要而产生的， 即便是有些有关GIS集成的理论对GIS系统建设有着很好的指导意义， 但整体来讲，GIS集成的思想和方法还是支离破碎，不够全面。 由于集成思想和方法的多样性，使得人们对GIS集成的理解也多种多样， 有些理解甚至还是错误的，这对于GIS集成和应用建设是非常不利的。
3.没有统一的框架体系。 中国科学院地理研究所资源与环境信息系统国家重点实验室的张健挺等人 提出了地理信息系统集成框架思想和GIS集成平台框架结构， 虽然较之其他集成模式更先进，但它对GIS集成还没有形成一个统一的框架体系。 他们的框架结构更多的只是从GIS系统几个关键部分入手， 讨论GIS集成的方法，这几个关键部分只是反映fGIS集成的一个到两个视角， 还不是被统一认知的框架体系。
由此吋见，有必要对GIS集成进行再认知，从微观和宏观的角度入手， 通过GIS系统各个不同的视角，统一GIS集成的理论和方法体系， 形成一个统一的框架，完整描述GIS集成。