GNU/Linux在生命科学计算中的发展与应用(Bio Linux)

2016-11-14 作者: xuzhiping 浏览: 556 次 Help edit

摘要: GNU/Linux在科学研究中的作用越来越大,细分到各个学科,都有不同专业的人做过,或正在做着不同的努力。对于生命科学,这一古老而又新生的学科,GNU/Linux在其中已经在发挥巨大的作用,但是在国内,很多研究人员还没有注意Linux在生物信息学、基因工程、分....

GNU/Linux在科学研究中的作用越来越大,细分到各个学科,都有不同专业的人做过,或正在做着不同的努力。对于生命科学,这一古老而又新生的学科,GNU/Linux在其中已经在发挥巨大的作用,但是在国内,很多研究人员还没有注意Linux在生物信息学、基因工程、分子生物学方面的建树,许多进展还不为国人所知尤其是不为这些领域的科学家和工程师所了解。

在国外,针对生命科学的应用,已经有Bio Linux这一项目。首先,维基百科已经有了Bio Linux的门户页面:http://en.wikipedia.org/wiki/BioLinux,然后,还有自己的发行版:http://environmentalomics.org/bio-linux-download/

Bio Linux代表一类专门为环境、生物工程、药物设计、分子生物学研究定制的Linux发行版和社区,例如英国的NEBC Bio Linux介绍说:“Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序,由一个 图形化的菜单进行管理,能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装。”等等;最值得注意的是可以从亚马孙网络服务(Amazon Web Service)云计算基础设施上安装它的机器镜像,这样生物和制药企业和研究单位就可以利用云计算的各种便利和强大功能,企业不必花几十万、数百万购买服务器和软件:http://cloudbiolinux.org/

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